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la référence c'est la corde à vide. on peut pas dire si une note est juste ou pas juste en l'écoutant seule, il nous faut une référence comme tu dis, donc on juge un intervalle seulement et pas une note.
l'oreille absolu c'est l'ennemi absolu de la justesse. c'est un très bon indicateur si on s'accorde selon sa référence propre, mais si on joue sur un autre accord (avec piano, en orchestre etc...), alors tout ce qu'on entend sonne faux et on perd tous ses repères...

Je me suis mal exprimé, la question est: pour le LA est-il mieux de l'accorder au diapason (et donc à l'oreille), ou à l'accordeur électronique ?

Ben si t'es tout seul ça importe peu, tu peux prendre le La que tu veux. Perso j'ai un diapason à 440 et un à 442 (fait maison en limant un 440) mais je ne m'en sert que quand je dois tout remettre à l'accord, après un changement de chevalet par exemple.
Avec piano on prend celui du piano directement, et en orchestre on prend celui du hautbois.

Krystof, pour répondre précisément à ta question, tu prends une référence quelle qu'elle soit, ( comme le dit Zaphod )mais de préférence un 440 ( les instruments numériques, tels les pianos avec qui l'on peut être amené à répéter, sont généralement par défaut à 440 ), et oui, plutôt privilégier l'entraînement à entendre avec ses oreilles que ça vibre harmonieusement, plutôt que de se reposer à visualiser l'exactitude proposée par l'accordeur.

D'ailleurs, je dis "vibrer", mais quand deux notes jouées à l'unisson sont parfaitement accordées, elles ne "vibrent" pas : elles sont comme "directes", émises sans oscillations.

C'est flagrant quand on accorde une guitare basse sur ses harmoniques. Au début quand les deux cordes sont très proches de l'accord, les deux harmoniques oscillent assez rapidement, et plus on tend ( ou détend selon la position de départ ) la corde qui doit s'aligner, plus l'oscillation ralentit, jusqu'à devenir inexistante. Si la basse est bien réglée, à ce moment, les deux cordes sont parfaitement accordées l'une par rapport à l'autre.

C'est plus délicat, mais je fais ça aussi avec le violon. L'auriculaire sur l'octave de la corde supérieure, et l'index sur la quinte de la corde inférieure, et je compare les harmoniques, et alternativement, je joue les deux cordes à vides franchement. Quand mes oreilles sont satisfaites des deux méthodes sur les trois couples de cordes, je considère le violon comme parfaitement accordé.